Евгений Николаевич Зиничев родился 18 августа 1966 года в Ленинграде.
С 1984 по 1986 год служил в Вооруженных силах СССР.
С 1987 по 2015 служил на различных должностях в органах государственной безопасности.
В 2013 году прошел профессиональную переподготовку в Военной академии Генерального штаба Вооруженных сил Российской Федерации.
С 2015 года — начальник Управления ФСБ по Калининградской области.
28 июля 2016 года Указом Президента Российской Федерации назначен временно исполняющим обязанности Губернатора Калининградской области.
Награжден государственными наградами.
Женат.